Родился 19 мая 1957 года в г. Фрунзе, Киргизская ССР

Окончил Ярославское театральное училище.

Учёбу совмещал с работой на сцене: работал актером в Брянском театре юного зрителя.

В 1986 году окончил режиссерский факультет Театрального училища имени Б.В. Щукина,  курс Александра Поламишева. Дипломный спектакль поставил в городе Советск (Калининградская область), где остался работать режиссёром, а в 1991 году стал художественным руководителем театра.

В 1998-1999 годах был главным режиссером Театра драмы в Калининграде, после чего вновь вернулся в Советск.

С ноября 2003 года в качестве главного режиссёра работал сразу два театрах в разных концах страны — «Тильзит-театр» (г. Советск, Калининградской области) и Омский театра драмы.

С 2011-го по 2019-й был художественным руководителем Российского академического театра драмы им. Федора Волкова в Ярославле.

С 8 сентября 2020 года — художественный руководитель Государственного академического театра имени Моссовета (Москва).

Евгений Марчелли поставил более 70 спектаклей, среди которых: «Остров» Э. Акопова, «Маскарад» М. Лермонтова, «Безотцовщина», «Три сестры», «Вишневый сад» А. Чехова, «Бой бабочек» Г. Зудермана, «Король Лир» и «Ромео и Джульетта» У. Шекспира, «Дачники» А. Пешкова, «Фрекен Жюли» А. Стриндберга, «Жестокие игры» А. Арбузова.

На Международном Волковском фестивале в Ярославле в 2003 году «Тильзит-театр» был удостоен Премии Правительства Российской Федерации имени Ф. Г. Волкова «За вклад в развитие театрального искусства». В феврале 2003 года Марчелли получает звание Заслуженного деятеля искусств РФ. Он признан «Лучшим режиссёром российской театральной провинции 2005 года». В 2006 году Евгений становится обладателем Национальной Премии в области театрального искусства «Золотая Маска».